Το επικρατέστερο δομικό σύστημα του Πενταλόφου χαρακτηρίζεται από λίθινη φέρουσα κατασκευή, ξύλινη στέγη και ξύλινα πατώματα.
Η παθολογία των κτιρίων γίνεται περισσότερο αισθητή κυρίως σε κτίσματα που έχουν εγκαταλειφθεί, καθώς είναι αυτά που δεν έχουν δεχτεί μεταγενέστερες επεμβάσεις.
Μεγαλύτερες φθορές παρατηρούμε στις ξύλινες κατασκευές, που είναι εκτεθειμένες στις καιρικές συνθήκες, καθώς και στις στέγες, και λιγότερο στις πέτρινες τοιχοποιίες, λόγω τόσο της μεγαλύτερης ανθεκτικότητας της πέτρας σε σχέση με αυτή του ξύλου και της σχιστόπλακας, όσο και της τεχνογνωσίας των τοπικών μαστόρων.