Η λέξη Ακαμάτρα ετυμολογικά προέρχεται από την μεσαιωνική ελληνική λέξη ακαμάτης, ά στερητικό + κάματος, που σημαίνει ο άεργος, που δεν εργάζεται. Ακαμάτρα σημαίνει η φυγόπονη, οκνηρή κόρη.
Λέγεται πως το όνομά της προέρχεται από μία πηγή, όπου ξαπόσταιναν και χασομερούσαν οι άνδρες, καθώς μετέφεραν νερό.
Η Ακαμάτρα αποτελούσε κεφαλοχώρι της ευρύτερης περιοχής της Μεσσαριάς. Ο οικισμός δεν αντιμετώπισε ιδιαίτερα προβλήματα με την πειρατεία, δεδομένου ότι το ανάγλυφο δημιουργεί μια φυσική αγκαλιά, προστατεύοντας τον. Παρόλα αυτά, σε ορισμένα κτήρια εντοπίσαμε χωστοκέλια, δηλαδή μικρούς θαλάμους στα ισόγεια των κτηρίων με χαμηλό ύψος ή και υπόσκαφους χώρους, που χρησιμοποιούνταν για την προστασία από τις πειρατικές επιδρομές.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, υπήρξε διοικητικό κέντρο για την περιοχή. Στην ιστορική πλακόστρωτη πλατεία του χωριού σώζεται ακόμα το διώροφο κτήριο του διοικητηρίου, όπως και ο μεγάλος πλάτανος 500 ετών , στον οποίο οι Οθωμανοί απαγχόνιζαν χριστιανούς κατοίκους.
Όλο το χωριό έχει πλήθος παραδοσιακών σπιτιών και ελάχιστα παλαιά αρχοντικά, δύο παλαιά ελαιοτριβεία και τοπικά καφενεία. Ένα μονοπάτι από τον οικισμό οδηγεί σε μια καταπράσινη περιοχή με πολλά πλατάνια, πηγές και παλιούς νερόμυλους.
Μάλιστα, ο οικισμός ανακυρήχτηκε παραδοσιακός, λόγω του ιδιαίτερου αρχιτεκτονικού χαρακτήρα των κτισμάτων, ο οποίος αντιπροσωπέυει και την φυσιογνωμία του νησιού. Αποτελεί αρχιτεκτονικό κόσμημα για την Ικαρία.