Το νησί διαθέτει πολλά ποτάμια (όχι μεγάλα), ρέματα και πηγές. Σημαντικότεροι ποταμοί είναι ο Αρνιπόταμος, ο Σεληνίτης, ο Άχλας, ο Μεγάλος Ποταμός και τα Διποτάματα. Πιο γνωστή πηγή, η πηγή Σάριζα που βρίσκεται στα Αποίκια και είναι ιαματική.
Χάρη στην ύπαρξη των υδάτινων όγκων, η Άνδρος διαθέτει έντονη βλάστηση. Ευδοκιμούν βελανιδιές, πλατάνια, ελιές, καρυδιές, λεμονιές, κυπαρίσσια, ροδιές και μουριές. Στις εύφορες κοιλάδες ευνοείται η γεωργία και η κτηνοτροφία, τα οποίων τα προϊόντα καλύπτουν σημαντικό μέρος των αναγκών του νησιού.