Η ονομασία Αποίκια δεν έχει ξεκάθαρη προέλευση. Μία εκδοχή είναι ότι προέρχεται από την ιταλική λέξη picchio> δρυοκολάπτης, επειδή το πτηνό συναντάται σε αυτή την περιοχή. Άλλοι υποστηρίζουν ότι είναι παρατονισμός της λέξης “αποικία”. Κανείς όμως δεν έχει εμπεριστατωμένη άποψη.
Δεν υπάρχει αξιοσημείωτη βιβλιογραφία για την ιστορία του οικισμού. Παρατηρώντας το περιβάλλον και τα κτίσματα συμπεραίνουμε ότι το χωριό είναι αρκετά μεγάλης ηλικίας λόγω:
του μονοπατιού που το συνδέει απ’ ευθείας με τη Χώρα μέσα από τους πρόποδες του Πέταλου, το οποίο είναι πιθανό να ακολουθεί ακόμα και αρχαία διαδρομή
της ύπαρξης σε πολύ κοντινή απόσταση δύο εκ των σημαντικότερων μοναστηριών της Άνδρου, τις μονές Αγίας Μαρίνας και Αγίου Νικολάου, που η πρώτη χρονολογείται από το 1325 και η δεύτερη από τον 11ο αιώνα.
την ύπαρξη πυργόσπιτων, είδος κατοικίας που χρονολογείται από το Μεσαίωνα και κατασκευάστηκε για την προστασία από τις τότε πειρατικές επιδρομές
τη γενικότερη προνομιακή θέση για ανέγερση οικισμού λόγω της ύπαρξης της πηγής Σάριζας, που ακόμα και τώρα αποτελεί κύριο αξιοθέατο του χωριού κι ολόκληρης της Άνδρου
προφορικές μαρτυρίες των κατοίκων που αναφέρουν ότι τα σπίτια στα οποία οι ίδιοι κατοικούν έχουν ηλικία τουλάχιστον 300 χρόνων, οπότε ο οικισμός είναι πολύ παλαιότερος.
Παραδοσιακά βιοποριστικά μέσα στα Αποίκια ήταν η ενασχόληση με τη ναυτιλία, τη γεωργία και την κτηνοτροφία για τους άνδρες και με την παραγωγή μεταξιού για τις γυναίκες. Υπάρχει μισογκρεμισμένο, “βουλιαχτό” όπως ονομάζεται από τους ντόπιους, εργοστάσιο κλωστοϋφαντουργίας στην περιοχή Τρικόλι, τον παλαιότερο πυρήνα του οικισμού. Οι κάτοικοι το ονομάζουν “Κλώστρα”. Βέβαια, παραγωγή υφάσματος γινόταν και μέσα στα ίδια τα σπίτια, σε δωμάτια με μεγάλο ύψος, έτσι ώστε να κρέμονται τα κουκούλια με τους μεταξοσκώληκες από το ταβάνι. Στην περιοχή υπάρχουν πολλές μουριές, τροφή των μεταξοσκώληκων, γεγονός που ευνοεί την ανάπτυξή τους και την παραγωγή του μεταξιού. Στην κλωστοϋφαντουργία εργάζονται κυρίως γυναίκες, από μικρές ηλικίες. Αυτού του είδους η βιοτεχνία έχει παύσει πλέον, ωστόσο γηραιές γυναίκες θυμόνται τις μητέρες τους και τους εαυτούς τους μικρές να ασχολούνται με την διαδικασία.
Το γεγονός ότι υπάρχει τέτοιου είδους βιοτεχνία στην Άδνρο δεν αποτελεί έκπληξη. Από τη Βυζαντινή εποχή (330- 1207 μ.Χ.) είναι γνωστό πως οι Ανδριώτες, και κυριώς οι γυναίκες, ασχολούνται με την σηροτροφία, την εκτροφή δηλαδή μεταξοσκώληκων για την παραγωγή μεταξιού, το οποίο μάλιστα και εξήγαγαν.
Σύγχρονες εγκαταστάσεις και ανέσεις έφτασαν στο χωριό κατά τη δεκαετία του 1960. Τότε ασφαλτοστρώθηκε η επαρχιακή οδός Άνδρου- Κορθίου και έγινε δίκτυο ύδρευσης στο χωριό.
Στα αυλάκια εκατέρωθεν των δρόμων το νερό έτρεχε ελεύθερο. Το 1985 αυτό άλλαξε και άπό τότε το νερό ρέει σε μαύρες σωλήνες μέσα στα αυλάκια.