Η Μονεμβασιά έχει έντονο φυσικό ανάγλυφο. Η μορφολογία του εδάφους σε συνάρτηση με τις κλιματολογικές συνθήκες ευνόησαν την ανάπτυξη πολλών αυτοφυών φυτών στη Μονεμβασιά, πολλά από τα οποία είναι σπάνια και ενδημικά. Ιδιαίτερα στην Πάνω Πόλη η απουσία ανθρώπινης δραστηριότητας και φυτοφαρμάκων έχει συμβάλλει στη δημιουργία πλούσιας χλωρίδας.
Η ευρύτερη περιοχή χαρακτηρίζεται ως περιοχή προστασίας-διατήρησης φυσικού περιβάλλοντος και είναι ενταγμένη στο δίκτυο Natura 2000.