Μετά την προσάρτηση των Καναλίων στην Ελλάδα μαζί με την υπόλοιπη Θεσσαλία το 1881, προσαρτήθηκαν το 1883 στον δήμο Ιθώμης, του νομού Τρικάλων. Με το ΦΕΚ 136Α (08/07/1899) ο οικισμός υπάγεται στο νομό Καρδίτσης, μέχρι το 1909, όταν με το ΦΕΚ 282Α - 04/12/1909, υπάγεται πάλι στον νομό Τρικάλων. Ο δήμος Ιθώμης καταργήθηκε το 1912 και τα Κανάλια ορίστηκαν έδρα ομώνυμης κοινότητας της επαρχίας της Καρδίτσας. Το 1944, με το ΦΕΚ 82Α, υπάγονται στο νομό Καρδίτσας. Με το πρόγραμμα Καποδίστριας, η κοινότητα καταργήθηκε και τα Κανάλια προσαρτήθηκαν στο δήμο Ιθώμης. Τέλος, το πρόγραμμα Καλλικράτης ο δήμος Ιθώμης καταργήθηκε και εντάχθηκε στον δήμο Μουζακίου.