Τα Κανάλια ανήκαν διοικητικά στο δήμο Ιθώμης που με το πρόγραμμα Καλλικράτης προσαρτήθηκε στο δήμο Μουζακίου του νομού Καρδίτσας. Ο δήμος Μουζακίου αποτελείται από 27 τοπικές κοινότητες και δημιουργήθηκε από την συνένωση των προηγούμενων δήμων Μουζακίου, Ιθώμης και Παμίσου. Η μεγαλύτερη έκταση του δήμου είναι πεδινή αλλά μερικές κοινότητες, όπως τα Κανάλια είναι ορεινές. Η περιοχή παρουσιάζει χαμηλή βλάστηση και ήπιο κλίμα.
Η ιστορία της περιοχής ξεκινάει από τα προ-ομηρικά χρόνια και έχουν βρεθεί αρκετά αρχαία ερείπια. Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας το φρούριο του τούρκικου στρατού βρισκόταν στο βυζαντινό κάστρο στο Φανάρι, το οποίο αποτελούσε το ορμητήριο των Τούρκων κατά των γύρω περιοχών. Η περιοχή προσαρτήθηκε στην ελεύθερη Ελλάδα το 1881.