Οι μέχρι τώρα ανασκαφές και έρευνες μας επιτρέπουν να μορφώσουμε κάποια εικόνα της κατανομής των οικισμών μέσα στην ιστορική εξέλιξη της Σαντορίνης. Παλαιοχριστιανικά υπολείμματα βρέθηκαν στο ΝΑ τμήμα της Σαντορίνης και η παρουσία του ναού της Επισκοπής (12ος αιώνας) στη Μέσα Γωνία μαρτυρεί ότι στο νησί υπήρχε κάποιο βυζαντινό κέντρο που ακόμα η θέση του δεν έχει προσδιοριστεί. Στη σκοτεινή περίοδο που ακολούθησε πιθανόν η Σαντορίνη να ερημώθηκε. Όλοι οι παράλιοι οικισμοί μεταφέρθηκαν στο εσωτερικό του νησιού και οχυρώθηκαν για να μπορούν να αντιμετωπίσουν την πειρατική μάστιγα. Μετά την Δ΄ Σταυροφορία, η Σαντορίνη πέρασε στα χέρια στα χέρια των Λατίνων (1207). Το 1537 καταλήφθηκε από τον περίφημο Τούρκο ναύαρχο Μπαρμπαρόσσα και παραχωρήθηκε προσωρινά στον Ι. Νάζη. Το 1579 καταργήθηκε το δουκάτο της Νάξου, στο οποίο άνηκε και η Σαντορίνη. Η πολιτιστική και οικονομική επίδραση των Λατίνωνδε σταμάτησε με την κατάλυση της αρχής τους. Το 1642 εγκαταστάθηκαν στην Σαντορίνη Ιησουίτες ιεραπόστολοι και στους επόμενους αιώνες ακολούθησε μια εντατική εκστρατεία προσυλητισμούτων ντόπιων στον καθολικισμό, όπως συνεβαινε και στις υπόλοιπες Κυκλάδες.
Στον 17ο αιώνα, όταν για πρώτη φορά έχουμε μια πλήρη εικόνα του νησιού, αναφέρονται πέντε καστέλια ( οχυροί οικισμοί). Εκτός από τους οχυρωμένους οικισμούς όμως υπήρχαν ήδη και άλλοι σκορπισμένοι στην ενδοχώρα και μάλιστα πάντα σε ποταμούς, δηλαδή σε κοίτες ξεροπόταμων οι οποίες μετατρέπονται σε πραγματικά φαράγγια από τη διάβρωση του εδάφους.
Κατά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η Σαντορίνη καταλήφθηκε πρώτα από Ιταλικές (το 1941) και έπειτα, το 1943, από Γερμανικές δυνάμεις κατοχής. Στις 9 Ιουλίου 1956 σημειώθηκε κοντά στην Αμοργό σεισμός μεγέθους 7,8 ρίχτερ, ο οποίος ήταν ο ισχυρότερος που έλαβε χώρα στην Ευρώπη κατά τον 20ο αιώνα. Μετά αυτό το γεγονός μεγάλο μέρος του πληθυσμού έφυγε από το νησί. Τη δεκαετία του 1960 άρχισε να αναπτύσσεται ο τουρισμός στην Σαντορίνη, φτάνοντας στο αποκορύφωμα του στα μέσα της δεκαετίας του 1980. Από τότε ο τουρισμός στο νησί γνωρίζει συνεχή ανάπτυξη, έχοντας καταστήσει πλέον την Σαντορίνη σε ένα από τους δημοφιλέστερους τουριστικούς προορισμούς σε διεθνές επίπεδο Είναι χαρακτηριστικό ότι ακόμη και τους χειμερινούς μήνες οι επισκέψεις τουριστών στο νησί δεν σταματούν, ιδιαίτερα από χώρες της Ασίας. Η τεράστια τουριστική ανάπτυξη της Σαντορίνης είναι φυσικό να έχει αλλοιώσει και τον χαρακτήρα του νησιού. Εκατοντάδες νέα κτίσματα έχουν κάνει την εμφάνιση τους παντού και οι περίφημες αγροτικές καλλιέργειες του νησιού και οι αμπελώνες του έχουν περιοριστεί κατά πολύ σε έκταση, δίνοντας την θέση τους σε πολυτελείς ξενοδοχειακές μονάδες, μπαρ, εστιατόρια κλπ.