Οι Μηλιές είναι ένα ιδιαίτερα γραφικό χωριό μέσα στο βουνό. Στο χωριό των Μηλεών η βλάστηση είναι ιδιαίτερα πυκνή. Τα γέρικα πλατάνια, οι ελαιώνες, οι μηλιές και οι καστανιές απλώνονται σε όλη την έκταση του χωριού. Η πλούσια φύση με τον οικισμό δημιουργούν μια άρρηκτη, αρμονική σχέση, η οποία κάθε εποχή του χρόνου αλλάζει εικόνα. Το καλοκαίρι είναι μέσα στο πράσινο, ενώ το φθινόπωρο γεμίζει με κίτρινα φύλλα που πέφτουν. Επίσης, από τις Μηλιές ξεκινούν 5 πεζοπορικές διαδρομές, 3 από τις οποίες συνδέονται με γειτονικά χωριά (Καλά Νερά, Τσαγκαράδα, Μπούφα). Τον οικισμό διασχίζουν ρέματα που οριοθετούν τις επιμέρους περιοχές. Τα ρέματα αυτά διαμορφώνουν τη φυσιογνωμία του οικισμού και ταυτόχρονα ενισχύουν την ποικιλομορφία του.
Το πολύτιμο φυσικό απόθεμα των Μηλεών εντάσσεται στις προστατευόμενες περιοχές του Δικτύου Natura 2000 ("Όρος Πήλιο" και " Όρος Πήλιο και Θαλάσσια Παράκτια Ζώνη") και τμήμα του Καταφυγίου Άγριας Ζωής "Αγ. Δημήτριος- Ίταμος των Δήμων Μηλεών, Αφετών, Μουρεσίου, Ν. Μαγνησίας". Οι περιοχές αυτές προστατεύονται από τη νομοθεσία.