Στην περιοχή του Ζαγορίου η πρώτη μαρτυρία ανθρώπινης παρουσίας χρονολογείται πριν 17.000 έως 10.000 χρόνια. Στην αρχαιότητα κατοικείτο από τους Τυμφαίους και αποτέλεσε τμήμα του αρχαίου ελληνικού βασιλείου των Μολοσσών, το οποίο κατά την ύστερη κλασσική εποχή επικράτησε σε όλη την Ήπειρο. Από τον 9ο έως τον 4ο αιώνα π.Χ. υπήρχε ένας μικρός οικισμός Μολοσσών μεταξύ Μονοδενδρίου και Βίτσας με πέτρινα σπίτια ο οποίος ανακαλύφθηκε πρόσφατα.
Το πέρασμα τον σλάβων έγινε κατά την πρώιμη Βυζαντινή περίοδο, στις αρχές του 13ου αιώνα, κάτι που πιστοποιείται από πολλά τοπωνύμια και από την ίδια την ονομασία της περιοχής. Το 14ο αιώνα στο Ζαγόρι υπηρετούσαν στη φρουρά των Ιωαννίνων πολλοί στρατιώτες, για να προστατεύσουν την περιοχή από τις επιδρομές των αλβανικών φυλών.
Το 1348 η περιοχή του Ζαγορίου περιήλθε στην εξουσία των Σέρβων ενώ το 1430 υποτάχθηκε στους Τούρκους.
Το 1895, ο πληθυσμός του Μονοδενδρίου σύμφωνα με στοιχεία της οθωμανικής απογραφής έφτανε τα 466 άτομα.
Μέχρι και τα τέλη του 19ου αιώνα το Ζαγόρι ήταν υπό Οθωμανική κυριαρχία, παράλληλα όμως το βιοτικό επίπεδο ήταν σε ψηλά επίπεδα όπως για παράδειγμα η Κοινή Σχολή Ελληνικών Μαθημάτων στο Μονοδένδρι. Σχολές τέτοιου επιπέδου αύξησαν τον πληθυσμό των χωριών, λόγων του εκπαιδευτικού προσωπικού αλλά και λόγω των σπουδαστών τους.
Με την απελευθέρωση του Ζαγορίου και την ένωσή του με την υπόλοιπη Ελλάδα, το Ζαγόρι αποψιλώθηκε, λόγω της εσωτερικής μετανάστευσης που επικρατούσε στην χώρα. Μεγάλος αριθμός ανθρώπων μετακινήθηκαν από τα πιο ορεινά μέρη στα αστικά κέντρα, με αποτέλεσμα τα χωριά να αδειάσουν και οι μόνιμοι κάτοικοι να είναι πολλοί λίγοι.
Το 1913, ο πληθυσμός των χωριών του Μονοδενδρίου, της άνω και κάτω Βίτσας, ανερχόταν στους 385 κατοίκους.
Το Ζαγόρι σχεδόν ερημώθηκε κατά τον ελληνικό εμφύλιο πόλεμο 1946-49, ενώ παράλληλα γίνονταν προσπάθειες για την διατήρηση των παραδοσιακών χωριών και του φυσικού τοπίου από τις αρχές τις δεκαετίας του 1980 μέχρι και σήμερα.
Έτος | ΑΡ. ΠΛΗΘΥΣΜΟΥ |
1880 | 700 |
1895 | 466 |
1913 | 110 185 (Ευριπίδη Π. Μακρή) |
1920 | 186 |
1923 | 9 |
1940 | 240 |
1951 | 104 |
1961 | 133 |
1971 | 126 |
1981 | 136 |
1991 | 132 |
2001 | 164 |
2011 | 129 |