Ο οικισμός των Αποικίων διαμορφώνεται με βάση την πηγή Σάριζα και τα ρυάκια που υπάρχουν, πάνω στα οποία βασίστηκαν και τα δρομάκια του χωριού. Οι πυρήνες επίσης δημιουργήθηκαν στις περιοχές που υπήρχαν πηγές και βρύσες καθώς ήταν δημόσιες και αποτελούσαν μέρος συνάντησης.
Επιπλέον, το χτίσιμο των κατοικιών επηρεαζόταν έντονα από το τοπίο και τις καιρικές συνθήκες της Άνδρου. Παρατηρείται ότι είναι όλα προσανατολισμένα προς τη θάλασσα, για τη μέγιστη εκμετάλλευση του ηλιακού φωτός και φανερώνοντας έτσι και την επιρροή του ναυτικού επαγγέλματος στον τόπο. Τα υλικά που χρησιμοποιούνταν για την ανοικοδόμηση τους προέρχονταν από το βουνό, όπως ο σχιστόλιθος καθώς και τα δέντρα (κυπαρίσσια και μουριές). Απέφευγαν τα μεγάλα ύψη λόγω του αέρα και για τον ίδιο λόγο χρησιμοποιούσαν δίφυλλες πόρτες. Εκμεταλλεύονταν, για τη στήριξη των σπιτιών, τους βράχους της πλαγιάς. Χαρακτηριστικά οι κάτοικοι τους ονομάζουν «μαύρους βράχους» και είναι αδιαπέραστοι ακόμη και από τα σύγχρονα τρυπάνια.
Επιπρόσθετα, ο υπερβολικά δυνατός αέρας δεν επέτρεπε τη δημιουργία ανεμόμυλων, καθώς τους κατέστρεφε τη φτερωτή. Απόρροια αυτού είναι η συγκέντρωση υδρόμυλων στα Αποίκια για τη μέγιστη εκμετάλλευση της πηγής. Ακόμη, για την προστασία των κατοίκων και των ζώων τους, κατασκεύαζαν ψηλούς τοίχους στον άξονα των δρόμων. Ο ωχετός αυτός απέτρεπε το νερό της βροχής να πάει στη θάλασσα κι έτσι ποτιζόταν η γη και συγκρατούσε τη ροή του νερού, ώστε να μην παρασυρθούν τα χώματα στους δρόμους.
Τέλος, η κλίση της πλαγιάς επηρέασε έντονα τη μορφή του χωριού. Με βάση αυτήν καθορίζονταν οι δρόμοι και τα σκαλοπάτια ώστε να είναι ξεκούραστη η διαδρομή. Είχαν πάντα χαμηλό ρίχτι, μεγάλο τελείωμα και εμφανίζονται πάντα σε μονό αριθμό (3,5,7).