Το δομικό σύστημα των κτιρίων της Όιας και γενικότερα της Σαντορίνης είναι βασισμένο στα τοπικά υλικά του νησιού και στις δυνατότητες που αυτά προσφέρουν. Η κατασκευή αποτελείται από λιθοδομές και θόλους. Οι λίθοι δεν διασταυρώνονται μεταξύ τους χάρη στo ισχυρό συνδετικό ασβεστοθηροκονίαμα που χρησιμοποιείται. Στο εσωτερικό της τοιχοποιίας γίνεται ανάμειξη μικρών και μεγάλων λίθων. Λόγω των μικρών επιφανιών έδρασης των αργών λίθων είναι αναγκαία η παρεμβολή μικρών λίθων για καλύτερη συνάφεια λίθων και κονιάματος. Τα λιθοσώματα των κατασκευών αυτών κατασκευάζονταν από λίθους ποικίλων πετρωμάτων, ηφαιστιογενών, ασβεστολιθικών και πωρόλιθων. Οι φέροντες τοίχοι έχουν πάχος 30-65 εκ. συνήθως ενώ οι ελεύθεροι τοίχοι και στηθαία έχουν πάχος 20-25 εκ.
Οι τοιχοποιίες διακρίνονται σε δύο είδη, στην απλή τοιχοποιία όπου το λιθοσώμα απλά επιχρίεται και στην τοιχοποιία η οποία ενισχύεται εξωτερικά με μία στρώση από λαξευτούς λίθους. Η δεύτερη περίπτωση εφαρμόζεται κυρίως στα αρχοντικά κτίσματα όπου υπάρχει πρόθεση για διακόσμηση και επίδειξη των όψεων.
Η εμπιστοσύνη που ενέπνευσε η κατασκευαστική αυτή δομή, έδωσε τη δυνατότητα κατασκευής διώροφων και τριώροφων κτισμάτων, των οποίων τα κατακόρυφα στοιχεία δεν ήταν πάντα σε πλήρη αντιστοιχία. Έτσι ορισμένες τοιχοποιίες υπερκείμενου ορόφου πολλές φορές εδράζονταν πάνω σε υποκείμενους θόλους. Το γεγονός αυτό επέτρεψε τη διαφοροποίηση της οργάνωσης των χώρων και κατά συνέπεια της τυπολογίας μεταξύ των ορόφων του ιδίου κτιρίου.