Οι μορφοπλαστικές δυνατότητες των ντόπιων υλικών, που βρίσκονται σε αφθονία, καθορίζουν το δομικό σύστημα του οικισμού και διαμορφώνουν μεγάλη ποικιλία από τελικές επιφάνειες. Τα κυριότερα υλικά που χρησιμοποιούνται είναι ηφαιστιογενή, ασβεστολιθικά πετρώματα και πωρόλιθοι.
Μαυρόπετρα: Η μαυρόπετρα είναι σκληρότατο πέτρωμα, εξαιρετικά δύσκολο στην κατεργασία το οποίο χρησιμοποιείται σχεδόν πάντα αυτούσιο για φέροντες τοίχους και μάντρες.
Κοκκινόπετρα: Η κοκκινόπετρα χρησιμοποιείται συμπαγής για τις λαξευτές παραστάδες και τα υπέρθυρα ή για επενδύσεις εξωτερικών τοίχων. Σπογγώδης χρησιμοποιείται για κατασκευές θόλων και γεμίσματα τοίχων λόγω του μικρού βάρους της.
Κίσσηρη (Ελαφρόπετρα): Η κίσσηρη ή ελαφρόπετρα χρησιμοποιείται σε διαμορφώσεις βατών δωμάτων πάνω από θόλους. Από το 1925 η ελαφρόπετρα αντικατέστησε τη σπογγώδη κοκκινόπετρα στους θόλους.
Άσπα: Η άσπα ή θηραική γη ή ποτζουλάνα ή τέφρα είναι το πιο σημαντικό οικοδομικό υλικό γιατί εξορύσσεται εύκολα και έχει εξαιρετικές υδραυλικές ιδιότητες. Σε πρόσμιξη με ασβέστη αποτελεί εξαιρετικά ανθεκτικό κονίαμα. Χάρη σε αυτές τις ιδιότητες της άσπας είναι δυνατό να γεφυρωθούν ανοίγματα εώς και 4μ περίπου με κυλινδρικούς θόλους, σταυροθόλια, σκαφοειδής θόλους χωρίς να χρειαστεί οπλισμός από σίδηρο. Επίσης η άσπα είναι ένα πολύ συνεκτικό υλικό το οποίο επιτρέπει την εκσκαφή στον όγκο του, σε μεγάλο βάθος, χωρίς να υποχωρεί. Με τον τρόπο αυτό δημιουργούνταν τα υπόσκαφα κτίρια του νησιού.