Κύριο σύστημα στέγασης αποτελεί η θολοδομία, εξαιτίας της λιγοστής υπαρκτής ξυλείας στο νησί. Θόλοι κυλινδρικοί, ημικυκλικοί, σκαφοειδείς, οξυκόρυφοι και ημικυκλικοί απαντώνται παντού στον Πύργο, ενώ σπανιότερα, συναντώνται σταυροθόλια. Για την κατασκευή ενός θόλου ο κοινός ξυλότυπος -με οριζόντιες δοκούς και κατακόρυφα στηρίγματα- χρησιμοποιείται ως καλούπι για χύτευση.Τα άκρα των δοκών αυτών στηρίζονται σε εγκοπές πάνω στις ημικυκλικές απολήξεις των στενών πλευρών, σύμφωνα με το βιβλίου του Δ.Φιλιππίδη «Ελληνική Παραδοσιακή Αρχιτεκτονική» .Έπειτα προστίθενται σε αυτά κλαδιά παράλληλα μεταξύ τους και πάνω τους τοποθετούνται άχυρα. Τέλος, εναποτίθεται μια στρώση χώματος που παίρνει τη μορφή του θόλου (κακόλασπη). Αφού το ισχνό αυτό κονίαμα στεγνώσει, από πάνω τοποθετούνται λίθοι με ισχυρό κονίαμα θηραϊκής γης.Η στρώση λίθων και συγκολλητικού κονιάματος έχει πάχος 20- 25 εκ. σύμφωνα
Εντοπίζονται δύο τρόποι κατασκευής αυτού του θόλου: Στην πρώτη μέθοδο, που χρησιμοποιείτο μέχρι το 1925, επιμήκεις πέτρες τοποθετούνται κάθετα στην καμπύλη του θόλου και συνδέονται μεταξύ τους με κονίαμα. Στη δεύτερη βελτιωμένη μέθοδο εντοπίζεται διαφορά στο συνδετικό υλικό, εφόσον χρησιμοποιείται μείγμα θηραϊκού κονιάματος, με χαλίκια κίσσηρης διαμέτρου 0,5-5 εκ. που βρίθουν στη Σαντορίνη. Τα πλεονεκτήματα αυτής της μεθόδου είναι προφανή, καθώς το ειδικό βάρος είναι μικρότερο σχετικά με το κονίαμα σε συνδυασμό με πέτρες, η κατασκευή είναι ευκολότερη, ταχύτερη και επιτυγχάνεται μεγαλύτερη ομοιογένεια υλικού.
Για την κατασκευή των θόλων, με την δεύτερη μέθοδο, χρησιμοποιούνται σφηνοειδείς λίθοι μεγάλης διαμέτρου κοντά στις γενέσεις της τάξεως των 20x 13 εκ., ενώ προς την κορυφή τα μεγέθη μειώνονται με αποκορύφωμα λίθους διαστάσεων περίπου 20x 6 εκ. . Οι πέτρες τοποθετούνται με την μικρή τους πλευρά προς τα κάτω - σφηνωτή λιθοδομία, ενώ το πάχος του κονιάματος μεταξύ τους είναι περίπου 3εκ. , μπορεί όμως σε μερικά σημεία να φτάσει και τα 6 εκ.
Ύστερα από περίπου 20 μέρες γίνεται η αφαίρεση των ξυλοτύπων.Η άνω επιφάνεια του καλουπιού με το ισχνό κονίαμα δεν έχει συνοχή με τον χυτό θόλο που το καλύπτει οπότε η αφαίρεσή του γίνεται εύκολα.Στην περίπτωση αυτή, που το κτίριο δεν έχει οριζόντιο δώμα, μια λεπτή στρώση κονιάματος καλύπτει την τελική επιφάνεια του θόλου, ώστε να κυλά ελεύθερα το νερό της βροχής προς τις γενέσεις του, όπου έχει προβλεφθεί εγκοπή για τη συλλογή του.
Με όμοιο τρόπο γίνεται και η κατασκευή των χώρων κάλυψης ανοιγμάτων, από τις οποίες η πιο εντυπωσιακή είναι η σκαφοειδής , όπου επιτυγχάνεται γεφύρωση ανοιγμάτων έως 5μ. με πάχος οριζοντίου στοιχείου περί τα 20 εκ., χωρίς κανένα απολύτως οπλισμό . Ειδικά στις σκαφοειδείς κατασκευές, για να δημιουργηθεί η οριζόντια βατή επιφάνεια, η κατασκευή συμπληρώνεται με στεγνή κίσσηρη , ώστε να δημιουργηθεί μία οριζόντια βατή επιφάνεια. Στις άλλες περιπτώσεις ανάλογα με τις ανάγκες ο θόλος είτε αφήνεται γυμνός είτε μετατρέπεται με τον ίδιο τρόπο σε βατό δώμα.
Η κατασκευή δωμάτων, που διαμορφώνονται πάνω από θόλους, προϋποθέτει εξασφάλιση στεγάνωσης και κατάλληλες ρύσεις για την συλλογή των όμβριων υδάτων.Για την εξασφάλιση αυτή χρησιμοποιείται αργιλική γη, που είναι αμμώδες ίζημα και είναι αδιάβροχη. Η αργιλική γη τοποθετείται σε δυο στρώσεις. Στην πρώτη στρώση το χώμα βρέχεται λίγο και απλώνεται με μυστρί, ενώ στη δεύτερη στρώση το χώμα είναι στεγνό, κοπανιέται και πατικώνεται με λίθινο κύλινδρο. Το συμπαγές σώμα που δημιουργείται, το οποίο χρειάζεται συνεχή παρακολούθηση και συντήρηση, είναι αρκετά βαρύ, με μικρή συνοχή και είναι σχετικά αδιαπέραστο από το νερό. Το νερό που συλλέγεται στην επιφάνεια του δώματος απομακρύνεται μέσω των ρύσεων. Είναι, επίσης, απαραίτητη η αφαίρεση των ζιζανίων που τυχόν φυτρώνουν, εξαιτίας του χώματος και του νερού. Στα σημεία, όπου στάζει η στέγη προστίθεται αργιλική γη και συμπιέζεται, πάλι με τη βοήθεια κόπανου και λίθινου κυλίνδρου. Στο δώμα, όπου είναι αδύνατον, αυτό αποφεύγεται το βάδισμα για την καλύτερη συντήρησή του και την αποφυγή φθοράς. Ανά 2-3 χρόνια, γίνεται αφαίρεση των ήδη υπάρχουσων στρώσεων και τοποθετούνται νέες. Το κισσηρόδεμα συμπληρώνει το κενό μεταξύ θόλου και οριζόντιου δώματος, λειτουργώντας έτσι θερμομονωτικά αλλά και υγρομονωτικά.