Κύριος λόγος των φυσικών φθορών στις τοιχοποιίες αποτελεί η φυσική φθορά και διάβρωση του συνδετικού κονιάματος ανάμεσα στους λίθους. Ένα άλλος λόγος φυσικής φθοράς έιναι και οι οριζόντιες καταπονήσεις, δηλαδή οι σεισμοί. Επίσης, πολύ συχνά παρατηρούνται επιφανειακές φθορές, δηλαδή στα επιχρίσματα, όπως για παράδειγμα ρηγματώσεις τους ή ακόμα και υποχωρήσεις λόγω αυξημένης υγρασίας. Τέλος, όπου έχουμε μπαγδατότοιχους παρατηρούνται φθορές λόγω της διάβρωσης του προστατευτικού κονιάματος.