Τα χρόνια της Επανάστασης του 1821 ο Ελληνόπυργος ήταν καταφύγιο του Καραϊσκάκη. Έζησε εκεί από την ηλικία των 8 μέχρι 18 ετών και χρησιμοποίησε ως ορμητήριο τη «σπηλιά του Λώλου». Οι κάτοικοι του συμπαραστέκονταν και για αυτό τους εμπιστευόταν. Το 1822 ο οικισμός πυρπολήθηκε ολοσχερώς από τους Τούρκους.
Στις 15.03.1854, κατά την διάρκεια του Κριμαϊκού πολέμου, επί της βασιλείας του Όθωνα, αφετηρία εξορμήσεως των επαναστατικών δυνάμεων προς το θεσσαλικό κάμπο ήταν ο Ελληνόπυργος και γενικά αποτελούσε προκεχωρημένο φυλάκιο και απόρθητο φρούριο των Αγράφων, λόγω της στρατηγικής του θέσης στην περιοχή. Μετά την αποτυχημένη έκβαση της επανάστασης τουρκικά σώματα έκαψαν ολοσχερώς το χωριό. Κατά την πυρπόληση καταστράφηκαν τα περισσότερα σπίτια, πολλά κειμήλια και έγγραφα.
Το 1840 η επιδημία της χολέρας αποδεκάτισε το χωριό. Το 1878, κατά την διάρκεια της νέας επανάστασης των Θεσσαλών, ο πασάς των Τρικάλων διέταξε να τιμωρηθούν οι οικισμοί που βοηθούσαν τους επαναστάτες και ο Ελληνόπυργος κάηκε για τρίτη φορά με καταστροφές που ήταν μικρότερης έκτασης από τις προηγούμενες.
Με την προσάρτηση της Θεσσαλίας στην Ελλάδα, το 1881 η περιοχή παρουσίασε κάποιες αλλαγές σε κοινωνικό, πολιτιστικό και οικονομικό επίπεδο. Κάποιες από αυτές ήταν η καθυστέρηση της απαλλοτρίωσης των τσιφλικιών, που αποτέλεσε τροχοπέδη στην πρόοδο των αγροτών, η κρίση στην κτηνοτροφία και οι Πόλεμοι: Κατοχή και Εμφύλιος.
Το 1897 ο Ελληνόπυργος συμμετείχε σε εξεγέρσεις εναντίον των Τούρκων.