Στον οικισμό παρατηρούνται δυο βασικά μικροκλίματα, της καλδέρας και του πεδινού κομματιού της Οίας στο οποίο αναπτύσσονται τα καπετανόσπιτα. Στην περιοχή της καλδέρας, το κλίμα είναι πολύ θερμό που το δικαιολογεί ο νότιος και δυτικός προσανατολισμός του καθώς και η έντονη κλίση του εδάφους που τον προστατεύει απο τον βορρά. Αντίθετα, στο πεδινό κομμάτι παρατηρείται η δυσαναλογία μεταξύ του πλάτους του πεζοδρόμου σε σχέση με το ύψος των κτιρίων που εμποδίζει την άμεση ηλίαση του, ενώ η ταυτόχρονη έκθεση του στον βορρά καθιστά το μικροκλίμα της περιοχής ψυχρότερο.