Ο οικισμός μας αποτελεί μια περιοχή με αρκετές μεταγενέστερες επεμβάσεις με σκοπό την βελτίωση των συνθηκών ζωής τόσο για τους μόνιμους κατοίκους του, όσο και για αυτούς που τον επισκέπτονται κατά τις καλοκαιρινές περιόδους. Αυτές σχετίζονται με την προσθήκη χώρων που έχει ανάγκη το εκάστοτε κτίσμα, την επιδιόρθωση μέρους της κατασκευής, την ενίσχυση του φέροντος οργανισμός και την αισθητική έκφραση σε μια προσπάθεια εκσυγχρονισμού και «εκμοντερνισμού» των κτισμάτων. Έτσι σε συνδυασμό με την προσθήκη νεόκτιστων κτισμάτων που στην πλειοψηφία δεν σέβονται πλήρως τον χαρακτήρα του οικισμού και δεν ενσωματώνονται σε αυτό, πραγματοποιούνται και οι προσθήκες νέων στοιχείων κυρίως με αλουμίνιο, μέταλλο και κεραμίδια, δηλαδή νέο υλικό ξένο ως προ την εικόνα το παραδοσιακού οικισμού .
Μελετώντας τον οικισμό αντιληφθήκαμε ότι οι μεταγενέστερες επεμβάσεις ανήκουν στις εξής κατηγορίες:
a) στην τοιχοποιία, b) στα κουφώματα, c) στα δώματα-πατώματα-στέγες d) ενίσχυσης φέροντος οργανισμού και e) γενικότερες και αισθητικές επεμβάσεις.
Στην πρώτη κατηγορία παρατηρούμε την προσθήκη σοβάς, ασβέστης και κονιάματος ανάμεσα και πάνω στις πέτρες. Ο επιπρόσθετος σοβάς προεξέχει από τον τοίχο αισθητά 2-3cm με αποτέλεσμα λόγω του κλίματος και των ιδιοτήτων της πετράς ο σοβάς να σκάει και να γίνεται ορατή αυτή η διαφορά. Πολλές φορές ακόμα η προσθήκη σοβά και χρώματος σε αυτή την εικόνα μας δείχνει τι διάφορες στρώσεις που έχουν «ντύσει» το σπίτι. Πολλά πέτρινα σπίτια είχα και σαρδελωτό σοβά όπως τα παραδοσιακά σπίτια στην γενικότερη περιοχή των Κυκλάδων.
Ενώ εύκολα παρατηρεί κανείς την αλλοίωση των κουφωμάτων. Αυτό συνέβη επειδή πολλά κτήρια είτε ερειπώθηκαν είτε μεταβλήθηκαν σε στάβλους και αποθήκες. Μια εικόνα με καρφωτά κουφώματα σαπισμένα, κρεμασμένα, πρόχειρα διορθωμένα με προσθήκες μικρών και παλιών ξύλων είναι συνηθισμένη στα Αηδόνια. Ενώ ταμπλαδωτές πόρτες και ψευδοταμπλαδωτά κουφώματα ακόμα έχουν αλλοιωθεί σε μεγάλο βαθμό λόγω της παραμέλησης του και κυρίως την εγκατάλειψη των κτισμάτων που τις φιλοξενούν. Στις περιπτώσεις όπου τα κτήρια είναι νεόκτιστα ή και στα παραδοσιακά προσφάτως ανακαινισμένα παρατηρούμε μοντέρνα αλουμινένια κουφώματα μπλε χρώματος σε μια προσπάθεια να εγκλιματιστούν στον κυκλαδίτικο χαρακτήρα του νησιού .
Στα πατώματα έχουμε προσθήκη νέων ξύλων(παρκέ) στα εσωτερικά των κτισμάτων ή μπετονένια επίστρωση. Επίσης εντοπίζονται δώματα σκυροδετημένα με πάχος 8-10 cm ως επικάλυψη στο κόκκινο χώμα της περιοχής που είχαν τα παραδοσιακά δώματα. Παρατηρούμε ακόμα στέγες και στέγαστρα που κατασκευάστηκαν με κεραμίδια αλλά και με λαμαρίνες, με την χρήση των δευτερεύων σε βοηθητικούς χώρους όπως αποθήκες.
Ακόμα σε κατοικήσιμα σπίτια δίπλα από τους τοίχους προστέθηκαν υποστυλώματα από οπλισμένο σκυρόδεμα ώστε να ενισχύσουν την ασφάλεια της κατασκευής. Μία παρόμοια προσπάθεια εκτελείται και με την προσθήκη μεταλλικών κατασκευών στα νέα υποστυλώματα για να υποβαστάξουν κεραμυδόστεγες.
Τέλος εμφανίστηκαν περιπτώσεις με ελαφριές παρεμβάσεις όπως μεταλλικές πέργκολες και στέγαστρα και επιμέρους βαψίματα των κατασκευών σε μια προσπάθεια ωραιοποίησης της κατασκευής.
Συμπερασμα, οι πλειοψηφία των μεταγενέστερων επεμβάσεων δεν επιτρέπει στα κτίσματα να θεωρηθούν σωστές ως προς την ένταξή τους στον χαρακτήρα του οικισμού. Πρέπει λοιπόν να πραγματοποιηθούν οι κατάλληλοι χειρισμοί τόσο ώστε τα Αηδόνια να διατηρήσουν τον παραδοσιακό τους χαρακτήρα αλλά και να προστατευθούν τα ερειπωμένα κτίσματα με τον πλούσιο υλικό πληροφοριών που προσδίδουν για την κατασκευή του οικισμού. Πρόκειται εξάλλου για έναν τόπο με κατασκευαστική παράδοση όπως μαρτυρούν οι αυτόπτες μάρτυρές του, τα ερειπωμένα κτίσματα του.