Όπως προαναφέρθηκε, οι Καλάθενες περιλαμβάνουν τέσσερις οικισμούς - γειτονιές που είναι : του Αγίου Ιωάννου Πρόδρομου, του Αγίου Αθανασίου, της Ροτόντας, και των Άνω Καλαθενών, που έχει αναπτυχθεί στην πλαγιά λόφου έχοντας με εξαιρετική θέα προς τον κόλπο της Κίσσαμου και τα Λευκά Όρη. Η σχέση του οικισμού με το φυσικό περιβάλλον είναι αρμονική και αυτό προκύπτει από την πολεοδομική του σύνθεση, η οποία ακολουθεί το ανάγλυφο του εδάφους. Χαρακτηριστικό αυτής της ανάπτυξης, είναι οι μικρού πλάτους οδοί στο εσωτερικό του οικισμού που κυρίως δημιουργήθηκαν παράλληλα με τις οριζόντιες υψομετρικές καμπύλες του εδάφους, δίδοντας έτσι σχετική ευχέρεια κίνησης και δυνατότητα ελεύθερης θέας από τις κατοικίες.
Παράλληλα, η «άρρηκτη» σχέση των κτιρίων με το φυσικό περιβάλλον προκύπτει και από τον τρόπο δόμησης. Το κύριο δομικό υλικό που χρησιμοποιείται είναι η πέτρα, από τα τοπικά λατομεία «υποβάλλοντας» έτσι τα κτίσματα σε ένα συνεχή διάλογο με το βραχώδες τοπίο. Σημαντικό δομικό υλικό αποτελούν οι δοκοί με τις σανίδες του πατώματος και της στέγης, καθώς και τα κουφώματα, που κατασκευάζονται από την τοπική ξυλεία της περιοχής (ελιές- κυπαρίσσια – καστανιές).
Λόγω της αλληλοδιείσδυσης φυσικού και δομημένου περιβάλλοντος, ο οικισμός αποκτά έναν ιδιαίτερο χαρακτήρα με μια αντίστοιχη εικόνα, όπου φυσικό και δομημένο γίνονται ένα και είναι δύσκολο να διακριθούν τα όρια του ενός από το άλλο.