Η Μεσσαριά εκτείνεται γραμμικά πάνω σε λόφο, που αποτελεί την γεωφυσική συνέχεια του ακρωτηρίου της Χώρας. Εκατέρωθεν του λόφου υπάρχουν εύφορες εκτάσεις, που χρησιμοποιούντο ανέκαθεν από τους κατοίκους για τις καλλιέργειες τους. Το βραχώδες έδαφος και η μικρή κλίση, ευνόησαν την οικοδόμηση του οικισμού. Στον πυρήνα του, συναντάμε πυκνή δόμηση και άμεση σχέση με το οδικό δίκτυο , ενώ πλησιάζοντας τα όριά του, η δόμηση γίνεται εμφανώς πιο αραιή. Τα φυσικά χαρακτηριστικά της περιοχής, (λιθόστρωτα δρομάκια, ανοιχτό αρδευτικό δίκτυο κατά μήκος των μονοπατιών, οριοθετήσεις κήπων με κυπαρίσσια), είναι παρόντα στην Μεσσαριά, (λιγότερο στα μικρά οικόπεδα τού συνεκτικού τμήματος τού οικισμού και περισσότερο στα μεγαλύτερα οικόπεδα με τα περιβόλια τους). Ιδιαίτερα περπατώντας στα στενά λιθόκτιστα δρομάκια , παρατηρούμε ποικιλία χλωρίδας καθώς και ήχους της φύσης, όπως κελάηδισμα πουλιών, ροή του νερού στα ρυάκια κλπ.
Σε πολλά σημεία, το φυσικό περιβάλλον συνδέεται με το δομημένο. Χαρακτηριστικές είναι οι εικόνες φυτών που “ξεπροβάλλουν” μέσα από λίθινες μάντρες αλλά και από τα σκαλοπάτια των μονοπατιών. Από το μεγαλύτερο μέρος του οικισμού, είναι δυνατή η θέαση στα βουνά που βρίσκονται εκατέρωθεν, ενώ η θάλασσα είναι ορατή μόνο από συγκεκριμένα σημεία λόγω της μικρής κλίσης του εδάφους.
Πλούσια ήταν επίσης η πανίδα που συναντήσαμε. Στα χωράφια δίπλα στον δρόμο, ζουν ζώα εκτροφής όπως κατσίκια, πρόβατα και κότες. Οικόσιτα ζώα, όπως σκύλους και γάτες, συναντάμε τόσο στις αυλές των σπιτιών όσο και ελεύθερα στους δρόμους.