Ο οικισμός του Κοντοχωρίου όπως φαίνεται και στον παραπάνω χάρτη οριοθετείται από 2 κεντρικούς άξονες.
Ελάχιστοι δρόμοι επιτρέπουν την κυκλοφορία αυτοκινήτων. Αυτό συμβαίνει για 2 κύριους λόγους. Λόγω των απότομων κλίσεων του εδάφους και των στενών ανοιγμάτων των δρόμων. Μέσα στον οικισμό αναπτύσσεται ένα δίκτυο δρόμων τα οποία επικοινωνούν μεταξύ τους κυρίως με απότομες και στενές σκάλες λόγω των μεγάλων διαφορών ύψους. Οι 2 κεντρικοί δρόμοι εκατέρωθεν του οικισμού συνδέουν το χωριό με τα Φηρά και το υπόλοιπο νησί (Οία, Ημεροβίγλι..). Ο ένας δρόμος βρίσκεται μπροστά στον Άγιο Ευστάθιο την κεντρική εκκλησία του οικισμού και ο άλλος πάνω από τη γέφυρα που βρίσκεται στο λαογραφικό μουσείο.