Τα παλαιότερα κτίσματα που βρίσκονται στην περιοχή του Κορθίου, ανάγονται στην Βυζαντινή περίοδο (προ του 1207 - Λατινοκρατία). Αυτό που είναι εξακριβωμένο είναι η παρουσία του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου ναού που ανάγεται στον 5ο ή 6ο αι. Παράλληλα στο βόρειο άκρο του ακρωτηρίου έχει διαπιστωθεί ότι η Αγ. Σοφία έχει ανεγερθεί επί πολυγωνικής βυζαντινής βίγλας. Όπως και ο ναός του Αγίου Τρύφωνα, διαμετρικά απέναντι στο νότιο όρος. Οι δύο βίγλες βρισκόταν σε οπτική επαφή και μάλλον σχετίζονται με ύπαρξη βυζαντινού οικισμού της ίδιας εποχής στην περιοχή Κορθίου. Ύπαρξη καραβοστασιού πρέπει να απηχεί την πραγματικότητα. Από τότε και έως το 1207(;) απαρχή της Λατινοκρατίας δεν είναι βέβαιο ότι υπάρχει αδιάλειπτη κατοίκηση, χωρίς ο ναός του Αγ. Νικολάου να επιβεβαιώνει -κατά τους τελευταίους βυζαντινούς χρόνους- παρουσία οικισμού εκεί, ενός οικισμού, του οποίου μάλλον αγνοούμε ακόμη και το όνομά του κατά την περίοδο αυτή.
Στην αρχή της Λατινοκρατίας κατασκευάζεται το Άνω Κάστρο,από τον Marino Dandolo περίπου το 1212(;) το οποίο δεσπόζει σε όλη την κοιλάδα του Κορθίου. Η ανέγερσή του ανέτρεψε πλήρως τα βυζαντινά οικιστικά και αμυντικά δεδομένα, ενώ η φεουδαρχική κοινωνική δομή πιθανά εξαφάνισε άμεσα ή έμμεσα τον ασφαλώς προϋπάρξαντα μεσοβυζαντινό(;) οικισμό του Κορθίου.
Κατά το δεύτερο ήμισυ της Λατινοκρατίας (1400-1566) είναι βέβαιο ότι η περιοχή των Αηδονιών-Κορθίου είναι εντελώς αδόμητη έως ακατοίκητη . Σε ηγεμονικό έγγραφο αποδόσεως στον δευτερότοκο γιό τού Ηγεμόνα Πιέτρο Αντρέα Τζεν (Μάρκο) αναφέρεται ότι απαγορεύεται η βοσκή στην περιοχή αυτή η οποία είναι περιοχή αποκλειστικής αντίστοιχης χρήσεως (του Ηγεμόνα) ή και της Κούρτης .Η Κούρτη ήταν γνωστό υψηλόβαθμο όργανο αποτελούμενο από τους ανώτατους άρχοντες με δικαστική, διοικητική και κάποια πολιτική εξουσία, υπό την προεδρία του Ηγεμόνα. Στην Άνδρο είχε επίσης συσταθεί, αλλά οι αρμοδιότητες και η δραστηριότητά της παραμένουν εντελώς θολές και άγνωστες ελλείψει στοιχείων. Σοβαρή πρέπει να θεωρείται η υπόνοια ότι το Κόρθι οφείλει την ονομασία του στην παραφθορά αυτής της λέξεως, ενώ άδηλο είναι επίσης το ιδιοκτησιακό καθεστώς στο οποίο διατελούσε ταυτιζόμενο πιθανώτερα με τον ίδιο τον Ηγεμόνα.
Μέχρι την απαρχή της Τουρκοκρατίας, το 1579, οι γαίες αυτές μένουν υπό καθεστώς απολύτως αδιατάρακτο. Κατόπιν φαίνεται ότι καταλαμβάνονται με άγνωστο σε μας τρόπο από τους Λατίνους άρχοντες οι οποίοι εν τω μεταξύ έχουν γίνει ορθόδοξοι ώστε να γλυτώσουν από την υποψία των Τούρκων, ότι συνεργάζονται με τους Βενετούς της γειτονικής Τήνου, με τους οποίους δηώσεις, εισβολές και σφαγές εκατέρωθεν είναι αλλεπάλληλες.Έτσι σχεδόν όλοι οι Λατίνοι άρχοντες ορθόδοξοι ή δήθεν ορθόδοξοι κλείσθηκαν στο Κάτω Κάστρο αλληλοϋποψιαζόμενοι περί το 1550.
Αυτοί οι οποίοι δεν θα κλειστούν στο Κάστρο είναι μόνον δύο οικογένειες πανίσχυρων Λατίνων αρχόντων, που κατά τα φαινόμενα είναι κρυπτοκαθολικοί και φοβούμενοι για την ζωή τους αλλά και για την περιουσία τους και προερχόμενοι απο την Βόρεια Άνδρο ,καταλήγουν όπως προκύπτει απο σωρεία εγγράφων να κατευθυνθούν νότια πρό του 1590 στην περιοχή Κορθίου. Πρόκειται για τους Berto ή Bertuli Dellagramatica (Μπερτούλη Δελλαγραμάτικα) και Agustin Daponte (Αουστή Δαπόντε) οι οποίοι αισθάνονται πολύ ασφαλέστεροι να εγκατασταθούν κοντά στην βενετοκρατούμενη Τήνο. (Φοβούνται και τους Τούρκους μα και τους Λατίνους άρχοντες, που έγιναν ορθόδοξοι και τουρκόφιλοι).
Όπως προκύπτει από τα Τουρκικά Φορολογικά Κατάστιχα του 1670 όλες οι οικογένειες αρχόντων βρίσκονται στο Κάτω Κάστρο. Μόνον στο Κόρθι- Αηδόνια βρίσκονται μία οικογένεια Δελλαγραμάτικα, πλουσιώτατη και έξι οικογένειες Δαπόντε επίσης πλούσιες (καθώς και δύο φτωχές). Πλήν των δύο τελευταίων όλες έχουν αναμφίβολα πύργο. Και βρίσκονται στην πρώην -ακατοίκητη- Γη της Σινιορίας (Κόρθι-Αηδόνια). Γύρω τους θα εγκατασταθεί επίσης μικρός αριθμός κολλήγων και επιστατών. Από τα ονόματα των ενοριακών ναών φαίνεται ότι υπό το όνομα του Κορθίου περιλαμβανόταν και τα σημερινά Αηδόνια.Το τελευταίο σημαίνει μάλλον ότι οι δύο οικισμοί αναπτύχθηκαν παράλληλα στον χώρο που ευρύτερα ονομαζόταν Κόρθι και όχι ότι εξ αρχής οι οικισμοί δημιουργήθηκαν με δύο διαφορετικά ονόματα. Και πάντως οι εγκαταστάσεις χρονολογούνται φαίνεται από τα τέλη του 16ου αιώνα.
Μετά την καταστροφή του Κάτω Κάστρου από τον διαβόητο πειρατή De Creveliers-το 1672-όλοι οι άρχοντες εγκαταλείπουν το Κάστρο και εγκαθίστανται στην ενδοχώρα της Άνδρου σε πύργους κυρίως στην περιοχή της Μεσσαριάς που άλλοτε ήταν τμήμα της τιμαριωτικής Γης του Ηγεμόνα. Στην εγκατάσταση πρωτοστατούν οι Λατίνοι άρχοντες, φανατικοί πλέον ορθόδοξοι και πιστοί στην νέα οθωμανική κατάσταση. Δημιουργούν γύρω από τους πύργους τους στην Μεσσαριά ένα καταρχάς άτυπο πολιτικό και κοινωνικό κέντρο φίλα διακείμενο στους Οθωμανούς με προεξάρχοντες τους Καϊρη, Μπίστη, Αθανασίου κ.α. Αντίθετα στο Κόρθι καταφεύγουν οι βενετόφιλοι κρυπτοκαθολικοί (5) . Έτσι δημιουργούνται δύο άτυπα κέντρα κοινωνικής εξουσίας, αντίπαλα μεταξύ τους για τους λόγους που εξηγήσαμε.
Με την πάροδο των ετών και την εγκατάσταση και άλλων αρχόντων στην περιοχή του Κορθίου η αντιπαλότητα αυτή θα αμβλυνθεί διατηρούμενη ως τοπικιστική αντιζηλία.
Μετά την Ρωσική κατοχή της Άνδρου 1770-1774 οι Τούρκοι θα αλλάξουν συμπεριφορά προσπαθώντας να συμπεριλάβουν ορθοδόξους άρχοντες στην νομή της εξουσίας «θεσμοθετώντας» και στην Άνδρο τον θεσμό του κοτζάμπαση, θεσμός που θα ισχύσει μέχρι το 1821.Τον ρόλο μιάς δεύτερης άτυπης πρωτεύουσας της Άνδρου θα διεκδικεί για χρόνια το Κόρθι με το αναπτυσσόμενο επίνειό του, τον Γιαλό (Όρμο) και τους τελευταίους άρχοντες να καθορίζουν τα κοινά από θέσεις κοινωνικής ισχύος.
Οι κάτοικοι του τόπου εργάζονταν ως κολλήγοι ή επιστάτες στα χωράφια των ηγέμόνων. Βασικότερη από τις αγροτικές εργασίες, τις οποίες μάλιστα, ευνοούσε το άφθονο τρεχούμενο νερό, ήταν και η σηροτροφία από την οποία έπαιρναν το μετάξυ.
Στο Κάτω Κάστρο, όμως, είχε αρχίσει να αναπτύσσεται μια νέα τάξη ναυτικών, οι "γεμιτζήδες", που στο 19ο πια αιώνα πρόβαλε τις δικές της αξιώσεις. Το 1813 η Ανδρος είχε 40 καράβια χωρητικότητας 2800 τόννων και 400 περίπου ναυτικούς.
Με την πάροδο των ετών η Άνδρος άρχισε να αναδεικνύεται σε νησί σπουδαίων ναυτικών.
Η περιοχή του Κορθίου δεν άργησε να προσαρμοστεί και να βγάλει τους δικούς της ναυτικούς. Παρόλα αυτά και μετά την Τουρκοκρατία, οι άρχοντες με τα χωράφια τους, παρέμειναν αν και σιγά σιγά πολλά κομμάτια γης περνούσαν και σε χέρια ανθρώπων που δεν ήταν απόγονοι κάποιου αφέντη. Η κοινωνική δύναμή τους χάνεται και περνά με τον καιρό στους καπετάνιους. Για να την ανακτήσουν οι περισσότεροι αρχίζουν να αποκτούν σπουδές πηγαίνοντας στην πρωτεύουσα ή στο εξωτερικό αλλά πάντα επιστρέφουν στον τόπο τους και μένουν στα πυργόσπιτά τους. Πολλές φορές, μάλιστα, δεν εξασκούν το επάγγελμα που σπούδασαν αλλά απλά πληρώνουν τους κολλήγους για να φροντίζουν τα χωράφια τους. Το Κόρθι σιγά σιγά χάνει το γόητρό του. Οι Χώρα έγινε το κέντρο των εμπορικών και ναυτικών εργασιών.
Τώρα πια, σε σχέση με τα άλλα δύο λιμάνια, το Κόρθι στέκεται αρκετά πίσω. Το Γαύριο έχει την άμεση επικοινωνία με την πρωτεύουσα και είναι πολύ κοντά στο Μπατσί, που έχει γίνει τουριστικός προορισμός. Η Χώρα με τους εφοπλιστές της, τα μουσεία, τους ευεργέτες έχει εξασφαλίσει την ιστορία της και τον κόσμο της. Το Κόρθι, αρκετά μακριά από το Γαύριο και χωρίς υψηλή τουριστική κίνηση προσπαθεί να κρατηθεί.
Πρόσφατα έφυγε από τη ζωή και ο τελευταίος άρχοντας των Αηδονίων, ο Μιχάλης Μπίστης. Το χωριό έχει λίγους κατοίκους σε σχέση με το ποσό και το μέγεθος των κτηρίων. Πολλοί κάτοικοί του έχουν φύγει για το εξωτερικό και για την Αθήνα, άλλοι είναι ναυτικοί. Ωστόσο, πρέπει να επισημάνουμε, πως είναι αρκετοί κι αυτοί που ακόμη ασχολούνται με τις αγροτικές εργασίες διατειρώντας τα χωράφια τους και τα ζώα τους.
Όσον αφορά το όνομα του χωριού, οι κάτοικοι μας είπαν πως στην περιοχή εκείνη, λόγω και της ροής του νερού, υπήρχαν πολλά αηδόνια κι έτσι πήρε και το χωριό το όνομά του.