Στον οικισμό παρατηρούνται φθορές που συσχετίζονται με τα βασικά δομικά μέλη των κτιρίων αλλά και με τα επιμέρους στοιχεία τους. Οι ισχυροί άνεμοι, χαρακτηριστικό του κλίματος της Άνδρου, σε συνδυασμό με την επίδραση του νερού, είτε σε μορφή βροχής είτε σε μορφή υγρασίας, έχουν συντελέσει στην παθολογία των κτιρίων. Σε καμία περίπτωση, δεν θα μπορούσαμε να αποδώσουμε τις φθορές σε σεισμούς καθώς πρόκειται για μία από τις λιγότερο σεισμογενείς περιοχές της Ελλάδας. Η κύρια αιτία που εντοπίσαμε είναι η εγκατάλειψη. Στην Μεσσαριά συναντάμε πολλά κτίρια χωρίς χρήση αφού οι ιδιοκτήτες εγκατέλειψαν το νησί. Αυτό συνεπάγεται ελλειπή συντήρηση, χωρίς την οποία, μικροφθορές που θα μπορούσαν να έχουν αντιμετωπιστεί έγκαιρα, επεκτείνονται και προκαλούν πολλές φορές κατάρευση μέρους ή και ολόκληρου δομικού μέλους. Σε μια ρηγμάτωση, η σκόνη και το χώμα που μαζεύονται, ευνοούν την ανάπτυξη φυτικών στοιχείων. Τα ξύλινα μέλη, που αποτελούν χαρακτηριστικό οικοδομικό στοιχείο στην Μεσσαριά, κινδυνεύουν από την υγρασία και τα έντομα, που χωρίς την διαρκή συντήρηση οδηγούν στη σήψη.
Συνοπτικά, οι αιτίες είναι:
Οι φθορές που συναντήσαμε στον οικισμό είναι: