Όλο το βουνό είναι κατάφυτο από δάση με πανύψηλες οξιές, βελανιδιές, πλατάνια, αγριοκαστανιές, δασική πεύκη, καθώς και συστάδες υβριδογενούς ελάτης. Στα χαμηλότερα υψόμετρα υπάρχουν καλλιέργειες με μηλιές στις ανατολικές πλαγιές, με ελιές στα νότια καθώς και πολύ πυκνή μακκία βλάστηση. Όσον αφορά το γεωλογικό υπόβαθρο του Πηλίου, αυτό είναι κρυσταλλοσχιστώδες, που αποτελείται από γνεύσιους, μαρμαρυγιακούς και αλβιτικούς σχιστόλιθους, μάρμαρα, χαλαζίες κ.λ.π. Ένα τέτοιο υπόβαθρο δε θα επέτρεπε την ύπαρξη υπόγειων πηγών, ωστόσο υπάρχουν πολλά ρήγματα κι έτσι οι πηγές αριθμούνται γύρω στις 70. Οι σημαντικότερες εξ αυτών είναι αυτές της Καλιακούδας και της Λαγωνίκας. Ποτάμια με σταθερή ροή δεν υπάρχουν στο Πήλιο, αλλά μεγάλες ρεματιές, όπως αυτή της Λαγωνίκας, του Βρύχωνα, της Καλιακούδας και της Φελούκας με αξιόλογη ροή τους χειμερινούς και ανοιξιάτικους μήνες καθώς και δεκάδες μικρά ρέματα.