Ευρισκόμενα σε κομβικό σημείο της Κρήτης, τα Τοπόλια ακολουθούν την ιστορική πορεία της ευρύτερης περιοχής της Κισσάμου και του νησιού και φέρουν στο χώρο ιστορικά τεκμήρια της βυζαντινής, ενετικής και τουρκικής κυριαρχίας, όπως οι εκκλησίες και τα στοιχεία της οχυρωματικής αρχιτεκτονικής. Τα πρώτα σημάδια ιστορικής παρουσίας του οικισμού φαίνεται να είναι γύρω στα 900 μ.Χ., οπότε αρχίζει υποτυπωδώς η συγκρότηση του οικισμού με πρωτοβουλία ενός συντρόφου του βυζαντινού αυτοκράτορα Νικηφόρου Φωκά.
Τα Τοπόλια παίρνουν την ονομασία τους από το δέντρο της λεύκας που στα σλάβικα είναι “topola”. Η πυκνή, όμως, παρουσία της ελιάς στην περιοχή αιτιολογεί και την άλλη εκδοχή για την ονομασία, ότι δηλαδή προέρχεται από το συνδυασμό των λέξεων «τόπος» και «ελιά». Έκτοτε, είχε επικρατήσει να λέγεται ότι όταν οι χωρικοί από τα γύρω χωριά πήγαιναν στα Τοπόλια για να εργαστούν, έλεγαν ότι πάνε στις «τοπόλιες», δηλαδή τις λεύκες.
Το χωριό, σταδιακά και παρά τις ιστορικές αντιξοότητες, αναπτύχθηκε και εξελίχθηκε στο πλούσιο κεφαλοχώρι της περιοχής. Μερικά από τα χωριά της εμβέλειάς του ήταν τα Τουρκιανά και τα Καψαλιανά. Περιελάμβανε τρεις εκκλησίες , ένα σιδηρουργείο ,τρία εργοστάσια αναψυκτικών , τέσσερα παντοπωλεία, αστυνομικό τμήμα, δύο επιπλοποιεία, ταχυδρομείο , ένα παρθεναγωγείο και σε κάθε γειτονιά υπήρχε μια «φάμπρικα» δηλαδή ένα ελαιοτριβείο.
Στα Τοπόλια, όπως και σε όλη την Κρήτη, μετά το πέρας της Ενετοκρατίας (1211-1669) αρχίζει η οθωμανική κατάκτηση η οποία αφήνει έντονα στίγματα στο αρχιτεκτονικό κέλυφος και σταματάει τυπικά το 1878 με την υπογραφή της συνθήκης της Χαλέπας. Μετά και από τις γερμανικές επιθέσεις κατά τον Β’Π.Π η περιοχή περιέρχεται σε περίοδο της μεταπολεμικής ειρήνης και τα Τοπόλια αναβιώνουν μέσω των παραγωγικών δραστηριοτήτων των κατοίκων και του τουρισμού.