Ο οικισμός της Κουκουναράς έχει δεχτεί πολλές αλλοιώσεις στα υπάρχοντα κτήρια, ενώ παράλληλα τα προηγούμενα χρόνια χτίστηκαν και μερικά κτήρια κατασκευασμένα εξ' ολοκλήρου από οπλισμένο σκυρόδεμα. Σε πολλά κτήρια οι παρεμβάσεις είναι μεγάλες και μη αναστρέψιμες ενώ τα κτήρια που είναι αναλλοίωτα είναι εγκαταλελειμένα ερείπια.
Η πιο συχνή παρέμβαση είναι η μερική ή εξ'ολοκλήρου αντικατάσταση της ξύλινης στέγης. Πιο συχνά είναι η εξ'ολοκλήρου αντικατάσταση της ξύλινης στέγης με πλάκα απο οπλισμένο σκυρόδεμα και λαμαρίνες. Συχνά επίσης εχουμε απλή αντικατάσταση των ξύλων με ξυλεία βιομηχανικού τύπου, αλλοιώνοντας σημαντικά την παραδοσιακότητα της. Σε ένα κτήριο παρατηρήθηκε η αντικατάσταση των κορμών που χρησιμεύουν ως δοκάρια με δοκάρια από οπλισμένο σκυρόδεμα.
Σε ορισμένα κτήρια παρατηρούνται προσθήκες δωματίων στο ήδη προϋπάρχοντα σκελετό μεταλλάσσοντας σημαντικά τη συνολική κάτοψη. Σε άλλα κτήρια συναντάται ενίσχυση, με οπλισμένο σκυρόδεμα, του φέροντος οργανισμού για περισσότερη αντοχή. Παρατηρήθηκαν επίσης μπαζώματα παραθύρων και εσωτερικών καμάρων.
Τα παραδοσιακά ξύλινα παράθυρα έχουν αντικατασταθεί με σύγχρονα σύχρονα μεταλλικά ή αλουμινένια. Το ίδιο συμβαίνει και με τις παραδοσιακές ξύλινες πόρτες. Αυτό το φαινόμενο μαζί με το σοβάτισμα και το βάψιμο των εξωτερικών τοίχων που έχει πραγματοποιηθεί σε πολλά κτήρια αλλοιώνει σημαντικα την συνολική εικόνα του οικισμού.
Όλες αυτές οι αλλοιώσεις έγιναν και θα συνεχίσουν να γίνονται κυρίως για λόγους οικονομικούς. Οι παρεμβάσεις που αναφέρθηκαν είναι πολύ πιο οικονομικές από την διατήρηση της παραδοσιακής τεχνικής. Τα υλικά που χρησιμοποιούνται είναι πολύ πιο οικονομικά και εύκολα στην αναζήτηση. Ευθύνες μπορούν να αποδωθούν και στην πολιτεία λόγω της έλλειψης οργανομένου σχεδίου για την προφύλλαξη και την διατήρηση της παραδοσιακής αρχιτεκτονικής.