Στην Κουκουναρά παρατηρούνται διάφορες επεμβάσεις στα κτήρια. Οι πιο σημαντικές είναι:
Οι ξύλινες στέγες αντικαθίστανται συχνότερα από πλάκα οπλισμένου σκυροδέματος η οποία στηρίζεται στη φέρουσα τοιχοποιία. Συχνά επίσης οι φέροντες κορμοί και οι σανίδες αντικαθίστανται από βιομηχανική ξυλεία.
Παρατηρούνται συχνά προσθήκες νέων όγκων στο αρχικό κτίριο, οι οποίες συνήθως κατασκευάζονται από οπλισμένο σκυρόδεμα, και αλλάζουν τη συνολική του εικόνα. Αυτό το φαινόμενο δεν είναι καινούργιο καθώς και σε διατηρημένα κτήρια παρατηρούνται επέκτασεις που χρονολογούνται αρκετές δεκαετίες πίσω στο παρελθόν.
Συχνά σε κατοικίσιμα κτήρια παρατηρούνται επεμβάσεις στη φέρουσα τοιχοποιία ή και στα θεμέλια για την ενίσχυση της αντοχής τους. Η ενίσχυση αυτή επιτυγχάνεται με την προσθήκη οπλισμένου σκυροδέματος.
Tα ξύλινα παραδοσιακά κουφώματα αντικαθίστανται από σύγχρονα μεταλλικά ή αλουμινίου. Επίσης παρατηρείται και μπάζωμα ορισμένων ανοιγμάτων.
Το σοβάντισμα των εξωτερικών τοίχων αλλοιώνει σημαντικά την εικόνα του οικισμού γιατί συχνά δίνει λάθος εικόνα για υλικό κτασκευής του κτηρίου. Πέτρινα κτίσματα με έντονο σοβάτισμα, αποκτούν τοίχο με δυνατή κάθετη όψη δίνοντας την ψευδαίσθηση σκυροδέματος.