Όπως προαναφέρθηκε η Κουκουναρά αναπτύχθηκε σε δύο συνοικίες, την κυρίως Κουκουναρά και την Χαλέπα. Η Κουκουναρά αποτελούσε το "κέντρο" του οικισμού ενώ η Χαλέπα μία οικιστική συνοικία. Μία μικρή οικιστική ενότητα, με τρία σπίτια, έχει δημιουργηθεί έξω απο την Κουκουναρά στην κορφή του λόφου στο δρόμο προς Καλάθενες, ενώ διάσπαρτες οικιστικές μονάδες έχουν αναπτυχθεί πάνω στο δρόμο μεταξύ Χαλέπας και Κουκουναρά.