Η απορροή των ομβρίων υδάτων στην Κερά διευκολύνεται σημαντικά από τη φυσική κλίση του εδάφους. Ολόκληρο το χωριό είναι χτισμένο στις παρυφές ενός ρέματος το οποίο ξεκινά από το Σφακοπηγάδι και καταλήγει στη θάλασσα. Συγκεκριμένα στην περιοχή της Κεράς η μικρή κοιλάδα που δημιουργείται συμβάλλει στη συγκέντρωση σε εκείνο το σημείο όλως των υδάτων του οικισμού. Το γεγονός αυτό δικαιολογεί την πυκνή βλάστηση της περιοχής, καθώς και τις σπηλιές με σταλακτίτες που, σύμφωνα με τοπικές μαρτυρίες, βρίσκονται κοντά σε αυτό το σημείο. Ακόμη, η τοποθέτηση εκεί του νερόμυλου εξασφάλιζε παλαιότερα την εκμετάλλευση των υδάτων προς όφελος των κατοίκων.
Συνόλικα, σε ολόκληρο τον οικισμό το κτίσιμο των κατοικιών έχει γίνει κατά τέτοιο τρόπο ώστε να επιτρέπει τη διέλευση του νερού ανάμεσά τους, ενώ ακόμη και οι χαράξεις των εσωτερικών δρόμων ακολουθούν κατά κύριο λόγο αυτές τις ροές. Αξίζει να σημειωθεί πως στο λιθόστρωτο καλντερίμι οι μεγάλοι αρμοί ανάμεσα στις πέτρες διευκόλυναν την πιο γρήγορη απορροή των νερών της βροχής με τη δημιουργία μικρότερων διόδων παράλληλα στη φυσική κλίση του εδάφους. Παρατηρούνται, επίσης, παρεμβάσεις στη χάραξη των δρόμων που βρίσκονται σε οριζόντιο επίπεδο. Συγκεκριμένα, δημιουργούνται αυλάκια στις άκρες αυτών των οδών («ύδατα κατόλας») τα οποία επικοινωνούν με τους δρόμους που είναι υπό κλίση και διοχετεύουν εκεί τα όμβρια ύδατα.
Στις στέγες των κατοικιών τοποθετούνταν κυρίως υδρορρόες, οι λεγόμενες «κουτσουνάρες», οι οποίες συνήθως προεξείχαν από τη στέγη, ώστε τα νερά να φεύγουν μακριά από τον τοίχο και να μη λειτουργούν επιβαρυντικά για αυτόν.