Η ονομασία Κερά προκύπτει απο το ‘κερά’ δηλαδή κυρία και αναφέρεται στην αγωνίστρια Αντωνούσα Καστανάκη ή Καστανοπούλα ,κατοικο του οικισμού ,η οποία έλαβε µέρος στις επαναστάσεις της Κρήτης από το 1866 έως το 1879. Το 1866 σε ηλικία 22 ετών, σκότωσε τον Τούρκο Μουσά Δερβίση, που επιχείρησε να αρπάξει τα ζωντανά του πατρικού της σπιτιού. Πήρε τ΄άρµατά του, εγκατέλειψε το σπίτι της και ανέβηκε στα βουνά µε τους άντρες αγωνιστές της Κισσάµου. Αρχικά εντάχθηκε στην οµάδα του οπλαρχηγού Κωνσταντουλάκη και αργότερα στο σώµα του στρατηγού Σκαλίδη. Το 1882 κατέφυγε διωκόµενη στην ηπειρωτική Ελλάδα όπου δηµιούργησε δικό της σώµα για την απελευθέρωση της Ηπείρου και της Μακεδονίας. Η προτομή της βρίσκεται στην Κερά Κισσάμου και το σπίτι της σώζεται μέχρι σήμερα.
Σύμφωνα με τοπικές πληροφορίες ,κατα μία άλλη εκδοχή , το όνομα του οικισμού ήταν Κεραια οπως χαρακτηριστικα μας ανέφερε ο κος Φουντουλάκης. «Παλιά το χωριό το λέγαμε Κεραία. Μάλλον επειδή το χωριό μας ήταν κάτι σαν ‘κεραία’,σαν επέκταση, για το διπλανό χωριό τη Ρόκκα, που έχει και ιστορική αξία και αρχαιολογικό χώρο»
Η αρχαία πόλη Κεραία χρονολογείται από τον 11 και 12ο αιώνα όπου έλαβε χώρα η έλευση των Μυκηναίων (Αχαιοί) και ακολούθως των Δωριέων κατά τη μεγάλη οικιστική ανάπτυξη στην επαρχία Κισσάμου. Ο ιστορικός Πολύβιος αναφέρει ότι οι κάτοικοι λεγόταν Κερέτας. Λέγεται ότι η αρχαία πόλη θα πρέπει να βρισκόταν πολύ κοντά στη Ρόκκα, γι’ αυτό και στα χρόνια τα τωρινά οι Κισσαμίτες συνηθίζουν να συνεκφέρουν τα δύο τοπωνύμια σαν να είναι ένας τόπος, μια κοινότητα.
Ο οικισμός όπως υφίσταται σήμερα χρονολογείται από την περίοδο της Τουρκοκρατίας(1700). Ορισμένα σπίτια διατηρούνται ακέραια μέχρι τώρα. Το μεγαλύτερο τμήμα απο την καλλιεργήσιμη γη που περιβάλλει τον οικισμό είναι ελαιόφυτο.Στη θέση των ελαιόδενδρων παλαιότερα οι κάτοικοι καλλιεργούσαν αμπέλια.
Με την εθνική απογραφή του πληθυσμού το 2001 οι κάτοικοι αριθμούνται σε 66 ενώ το 2011 μειώνονται στους 36. Από προφορικές μαρτυρίες των κατοίκων γνωρίζουμε επίσης ότι από το 1955 και μετά ξεκινά μία σταδιακή εγκατάλειψη του χωριού. Συμπερασματικά ο πληθυσμός αρχικά ήταν πολύ περισσότερος από 66 κατοίκους.
(πηγή: αρχείο της στατιστικής υπηρεσίας για την απογραφή πληθυσμού της Ελλάδας του 2001 και αρχείο της Ελληνικής Στατιστικής Αρχής για την απογραφή πληθυσμού της Ελλάδας του 2011)