Η σχέση που έχει το Εμπορειό με το φυσικό περιβάλλον, παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Απ΄την μια ο σύνθετος χαρακτήρας του εδάφους, στους πρόποδες του Προφήτη Ηλία και απ΄την άλλη η ανάγκη διαφύλαξης του οικισμού από τις έντονες πειρατικές επιδρομές καθόρισαν σε μεγάλο βαθμό και την μορφή του οικισμού.
Καταρχάς ο παραδοσιακός οχυρωμένος οικισμός του Εμπορείου, το Καστέλι, βρίσκεται στο ψηλότερο σημείο του χωριού για την καλύτερη δυνατή προστασία, όπου τα σπίτια είναι χτισμένα το ένα δίπλα στο άλλο, με τέτοιο τρόπο που οι τοίχοι τους να υψώνονται κάθετα στο τείχος του κάστρου. Τα σπίτια φωλιάζουν το ένα πάνω από το άλλο, είναι κυρίως πετρόχτισα με τοπικούς λίθους και ασβεστομένα με ειδικό κονίαμα θηραικής γης ξεχωρίζοντας από το κυκλαδίτικο κατάλευκο.
Απ΄το Καστέλι και πηγαίνοντας προς το Εμπορείο, ο επισκέπτης κατεβαίνει με μια πολύ έντονη κλίση διασχίζοντας στενά δρομάκια με κατοικίες δεξιά και αριστερα. Όσο πλησιάζει προς την θάλασσα η κλίση γίνεται όλο και πιο ήπια και ο χώρος γίνεται όλο και πιο ελεύθερος. Αυτή η έντονη κλίση έχει και σαν αποτέλεσμα μια πανοραμική θέα απ΄το Καστέλι, οπού σε συνδυασμό με τον πανεμόρφο οικισμό, δημιουργούνται όμορφα συναισθήματα στον επισκέπτη.
Αξίζει να σημειωθεί και η παρουσία ρέματος, που ξεκινάει απ΄τον οικισμό του Εμπορείου και καταλήγει στον κύριο δρόμο που ενώνει το χωριό αυτό με την θάλλασσα.