Η ονομασία του χωριού είναι μοναδική στην Ελλάδα και οι επικρατέστερες εκδοχές για την προέλευσή της είναι τέσσερις και είναι οι εξής:
1. Οι αρχαιολόγοι τοποθετούν κοντά στο ιερό της Αρτέμιδος που βρίσκεται μεταξύ Βαλτεσινίκου-μυγδαλιάς την αρχαία πόλη «Αλούς». Το όνομα λοιπόν σύμφωνα με αυτή την εκδοχή ορίζει ότι το χωριό είναι «Αλούς σύνοικον» Β-Αλούς σύνοικον, Βαλτεσινίκον.
2. Η άλλη εκδοχή λέει πως αυτός είναι συνοικισμός κοντά στις βάλτες (πολλά νερά που υπάρχουν στην περιοχή), βάλτες-σύνοικον, Βαλτεσινίκον.
3. Η Τρίτη εκδοχή του γερμανού γλωσσολόγου Max Vasmer προέρχεται από μελέτη που δημοσιεύτηκε το 1941 και αφορά 94 χωριά της Αρκαδίας. Λέει πως το όνομα του χωριού προσεγγίζει το σλάβικο Boltbibnik και μετά το βουλγάρικο Baltesnica ή το αλβανικό Balte που σημαίνει έλος.
4. Η τελευταία εκδοχή του καθηγητή Ν. Βέη αναφέρει πως ο ρωμαίος αυτοκράτορας Ονώριος έστειλε το στρατηγό Στηλιχώνα να αντιμετωπίσει το βάρβαρο Αλάριχο Α' κατά την επιδρομή που έκανε στην Πελοπόννησο. Ο Στηλιχώνας τοποθέτησε στην Αρκαδία κατά τόπους στρατηγούς για να ανακόψει την προέλαση του Αλαρίχου προς την πάτρα τους Βέσιο, Βελτέσιο, Κούρτιο, Μπαρμπέσιο, Πράσιο. Αυτοί κατάφεραν να νικήσουν τον Αλάρχο. Προς τιμήν τους δόθηκαν τα ονόματα στις περιοχές. Έτσι, για την νίκη του Βαλτέσιου ονομάστηκε το Βαλτεσινίκο.