Το 1800 αποτελεί έναν αιώνα σταθμό αφού το χωρίο βρίσκεται ήδη υπό Τούρκικη κατοχή ενώ κατεστράφη ολοκληρωτικά από το μεγάλο σεισμό που έγινε το Νοέμβρη του 1813. Έτσι οι κάτοικοι του χωριού αναγκάζονται να εγκαταλείψουν τη περιοχή Σελιό ,όπου βρίσκονταν, και μεταφέρονται στην τοποθεσία Τσαρκοβίστα σε ήδη υπάρχον χωριό που και αυτό είχε ισοπεδωθεί από το σεισμό. Σε αυτά τα χρόνια εντοπίζεται η δημιουργία του χωριού στην τοποθεσία που βρίσκεται μέχρι σήμερα. Το 1830 μετά το πέρας της επανάστασης η Ήπειρος δεν περιήλθε στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος. Η κοινότητα των κατοίκων ,όμως , αρχίζει να οργανώνεται συστηματικά από αφού το 1820 λειτουργεί τετραθέσιο σχολείο και το 1854 δημιουργείται η ενοριακή εκκλησία του Αγίου Αθανασίου. Λίγα χρόνια αργότερα με νόμο της εποχής η Τσαρκοβίστα συγκροτεί κοινότητα με πάνω 200 σπίτια όπως όριζε αυτός. Το δεύτερο μισό του αιώνα βρίσκει τους κατοίκους της περιοχής να αντιμετωπίζουν σοβαρά προβλήματα με την τουρκική διοίκηση με αποτέλεσμα πολλοί από αυτούς να επιλέξουν τη μετανάστευση.
Η έλευση του 20ου αιώνα φέρνει μαζί της την απελευθέρωση της Τσαρκοβίστας όμως η εποχή που ακολουθεί δεν είναι ρόδινη, ο κατάλογος των θυμάτων και των υλικών απωλειών από τους Τούρκους είναι μακροσκελής.
Το 1926 το χωριό μετονομάζεται σε Εκκλησιοχώρι με απόφαση της Γενικής Διοίκησης της Ηπείρου. Η επικρατέστερη θεωρία για την προέλευση του ονόματός του, σύμφωνα με τους ντόπιους, είναι η παράφραση του υπάρχοντος ονόματος σε Τσερκοβίστα, με το όνομα αυτό να έχει σλάβικη προέλευση, ενώ το νέο να αποτελεί μετάφραση.
Τα χρόνια που ακολούθησαν έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στην αντίσταση κατά των Γερμανών. Τη δεκαετία ’30-’40 ξεκίνησαν τα έργα υποδομής όπως δρόμοι και γέφυρες. Το 1940 αρχίζουν τα οχυρωματικά έργα αφού οι προθέσεις των Γερμανών έχουν φανεί. Η Ήπειρος άνηκε στην ζώνη επιρροής της Γερμανίας και αργότερα της Ιταλίας. Κατά τον εμφύλιο που ακολούθησε δόθηκαν σκληρές μάχες στα βουνά της. Μετά το τέλος των πολέμων το χωριό και γενικότερα η περιοχή της Ηπείρου παραμελήθηκε οικονομικά και πολλοί ντόπιοι αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την περιοχή. Παρόλα αυτά, τις δύο τελευταίες δεκαετίες παρατηρείται αύξηση του τουρισμού.