Ο οικισμός χρονολογείται από την εποχή των ελληνιστικών χρόνων, 4ος αιώνας π.Χ., δεδομένου ότι έχει κτιστεί σε λείψανα αρχαίας πόλης, τα οποία διακρίνονται. Η αρχαία Ρόκκα δεν συγκαταλέγεται στις αυτόνομες κρητικές πόλεις αλλά πιθανότατα ήταν εξαρτημένη διοικητικά από την ισχυρή γειτονική Πολυρρήνια. Πρόκειται για περιφερειακή μικρότερη ελληνιστική πόλη που δεν είχε δικά της νομίσματα. Το πρόβλημα της ταύτισης της αρχαίας αυτής θέσης με μια από τις επώνυμες πόλεις της Κρήτης απασχόλησε πολλούς μελετητές και περιηγητές. Αρκετοί μελετητές πιστεύουν ότι οι οικισμοί που αναπτύχθηκαν στην κοιλάδα του ποταμού Κολένη (Φαλελιανά, Λυριδιανά, Νοπήγεια, Κολένι, Δελιανά, Τρία Αλώνια κ.α.) συνενώθηκαν σε ένα Κοινόν, το Κοινόν των Μωδαίων, σε ένα συνασπισμό με πρωτεύουσα τη Ρόκκα και επίνειο τα παραλιακά Νοπήγεια. Πρώτος ο R. Pashley, βρετανός περιηγητής στη Κρήτη το 1837 ταύτισε τα ερείπια των Νοπηγείων με την κρητική πόλη Μήθυμνα και στο κοντινό χωριό Ρόκκα τοποθέτησε την αρχαία ομώνυμη πόλη.
Η άποψη ότι το όνομα είναι βενετσιάνικο από το ιταλικό rocca, που σημαίνει φρούριο πάνω σε οχυρό φυσικό ύψωμα, δεν φαίνεται να ευσταθεί δεδομένου ότι το όνομα αναφέρεται από τον Αιλιανό (ΙΙ, 55) ήδη από τον 3ο αι. μ.Χ. Στο έργο του Περί ζώων ιδιότητος, αναφέρει το ιερό της Αρτέμιδος Ροκκαίας. Ο συνδυασμός με την επιβίωση του τοπωνυμίου οδηγεί στην ταύτιση του ελληνιστικού οικισμού με την αρχαία Ρόκκα. Ο Ρωμαίος συγγραφέας μιλά για τη Ροκκαία Άρτεμη, η οποία φημιζόταν ότι είχε θεραπευτικές ιδιότητες και αφηγείται μια ιστορία σχετικά με τη θεραπεία της λύσσας, που φαίνεται ότι ήταν σύνηθες φαινόμενο στην αρχαία Κρήτη.
Οι γνώσεις που έχουμε για την πόλη, εκτός από τις συνοπτικές αναφορές περιηγητών, είναι αποτέλεσμα των επιφανειακών παρατηρήσεων και των λίγων σχετικά ανασκαφικών ευρημάτων, αφού ανασκαφικά είναι σχεδόν ανεξερεύνητη.
Στην κορυφή του λόφου που ονομάζεται Τρουλλί, που αποτελεί ακρόπολη, με φυσική οχύρωση, σώζονται ελάχιστα λείψανα βυζαντινής οχύρωσης. Πιστεύεται ότι κτίστηκε απ’ τον Νικηφόρο Φωκά, όταν το 960 μ.Χ. ήρθε επικεφαλής εκστρατείας για την απελευθέρωση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς πειρατές. Ο Giuseppe Gerola, ένας ιταλός αρχαιολόγος το 1905-1906, επισκέφτηκε το χώρο και αποτύπωσε την οχύρωση καθώς και τα κατάλοιπα δεξαμενών και άλλων κατασκευών.
Η οχύρωση πάντως δεν αναγνωρίζεται σήμερα, και ίσως έχει κατακρημνιστεί στο φαράγγι που διέρχεται ανατολικά της πόλης. Στην πορεία της ανάβασης προς την κορυφή σώζονται κτιστοί αναλημματικοί τοίχοι αρχαίου μονοπατιού της ρωμαϊκής περιόδου που οδηγούσε στην ακρόπολη. Στο πλάτωμα της κορυφής τρεις κτιστές δεξαμενές συγκέντρωναν το νερό της βροχής και τροφοδοτούσαν τον οικισμό. Ο τρόπος δόμησης τους χρονολογείται στους ρωμαϊκούς χρόνους, σύγχρονες με τις δεξαμενές της γειτονικής Πολυρρήνιας.
Νότια, κατηφορίζοντας τη πλαγιά διακρίνονται τα λείψανα του αρχαίου οικισμού που δεικνύουν ότι ο χώρος ήταν πυκνοκατοικημένος. Πρόκειται για οικίες λαξευτές στο ασβεστολιθικό πέτρωμα, στις δύο ή τρεις πλευρές τους με κτιστές προσόψεις, οι οποίες δεν σώζονται όμως σήμερα. Επίσης στην πλαγιά διατηρούνται οι λαξευτές κλίμακες, δρόμοι και αγωγοί για τη συλλογή των ομβρίων υδάτων καθώς και υπόγειες δεξαμενές περισυλλογής αυτών. Η πρακτική της λάξευσης του φυσικού βράχου με στόχο τη δημιουργία χώρων ή κατασκευών, παρατηρείται συχνά στη δυτική Κρήτη (Πολυρρήνια, Σελλί κ.α.)
Το νεκροταφείο όπως συνηθίζεται στις αρχαίες πόλεις βρίσκεται εκτός του οικισμού, στα χαμηλά πρανή στις αγροτικές περιοχές ΝΑ και ΝΔ του σύγχρονου χωριού. Περιλαμβάνει λαξευτούς στο βράχο θαλαμοειδείς ή ορθογώνιους τάφους καθώς και κτιστούς κιβωτιόσχημους. Ευρήματα από την περιοχή έχουμε μόνο από τις ανασκαφικές έρευνες όπου εκτείνεται η νεκρόπολη.
Το έτος 1960 ο αείμνηστος αρχαιολόγος Νικόλαος Πλάτων είχε ανασκάψει ένα διώροφο κιβωτιόσχημο τάφο. Εκεί είχαν έρθει στο φως αρκετά αγγεία μεταξύ των οποίων ένας αμφορέας με έκτυπα εμβλήματα και στριφτές λαβές. Το αγγείο φέρει τέσσερα εμβλήματα με εικονογραφικά θέματα τα οποία αντλούνται κυρίως από ηρωικούς κύκλους της ελληνικής μυθολογίας που συνδέονται με άθλους. Εδώ εικονίζεται ο Ηρακλής με το ρόπαλο έτοιμος να επιτεθεί στο δαιμονικό σκύλο, Κέρβερο και στην άλλη όψη ο Ιάσων που παλεύει με το δράκοντα της Κολχίδος, που φυλούσε το χρυσόμαλλο δέρας. Τα ραβδωτά αυτά αγγεία αποτελούν μια χαρακτηριστική κατηγορία αγγείων τα οποία κυκλοφόρησαν στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου και στην Κρήτη, κυρίως στη δυτική, την εποχή των Πτολεμαίων διαδόχων του Μ. Αλέξανδρου. Εδώ αναπτύσσεται μια ντόπια παραγωγή κεραμικού εργαστήριου που ενδεχομένως θα μπορούσε να αναζητηθεί στην ευρύτερη περιοχή της Ρόκκας.
Η διαπλάτυνση της επαρχιακής οδού Ρόκκα – Κερά το 1986, έγινε η αφορμή για τη σωστική ανασκαφή που έφερε στο φως τρεις τάφους με πλούσια κεραμικά κτερίσματα που είχαν εναποτεθεί κατά την κοινή συνήθεια της εποχής. Τα ευρήματα χρονολογούνται από τα τέλη του 4ου αι. π.Χ έως το πρώτο ήμισυ του 2ου αι. π.Χ. Όλα σχεδόν τα αγγεία, ένας οξυπύθμενος αμφορέας, μια υδρία, δύο πώματα, ένας σκύφος, κάνθαρος, μυροδοχεία κ.ά. είναι προϊόντα παραγωγής τοπικού εργαστηρίου της ευρύτερης περιοχής της Κισάμου, με εμφανείς επιρροές από τα μεγάλα κέντρα της εποχής όπως ήταν η Αλεξάνδρεια και η Μακεδονία, αλλά και η Αθήνα, η Κόρινθος και η Ρόδος. Οι επιρροές αυτές μαρτυρούν τις επαφές αλλά και τις σχέσεις της πόλης της Ρόκκας με τον υπόλοιπο ελληνιστικό κόσμο. Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Κισάμου εκθέτονται σήμερα σχεδόν όλα τα ανασκαφικά ευρήματα της περιοχής.